男子精子畸形率高怀孕了，对胚胎没有任何的影响，对患者的健康也不会造成任何的损害。畸形率高多提示存在有缺陷的精子，有缺陷的精子是不能够与卵子结合的，只有正常健康的精子才可与卵子结合。
正常男性含有将近2亿精子，其中可能存在有畸形的精子，它们在受精的过程中会被自然淘汰，女性在排卵期只有一个卵子排出，只有正常健康的精子才能顺利地与卵子相结合，这是一个优胜劣汰的过程，而畸形的精子在此过程中会被完全淘汰，不会与卵子发生精卵结合反应而导致形成受精卵，进而发育成胚胎。
所以畸形率高的精液，如果怀孕，一定是正常的精子与卵子发生精卵结合形成了健康的胚胎，不会对身体和胚胎有任何的影响。