抗磷脂综合征的治疗主要就是抗凝、预防血栓的形成，比如可以用低分子肝素，或联合使用阿司匹林，或使用华法林。具体的治疗方法要根据病人的情况决定，当病人有比较严重的内脏血栓形成的时候，治疗方案要比较强，抗凝治疗也比较强，甚至可能需要使用激素和免疫抑制剂。
当患者的症状比较轻的时候，治疗方案会相对的简单一点，比如仅仅使用低分子肝素，联合阿司匹林或长期服用阿司匹林，也有些患者长期服用华法林。服药是需要长期服用，可能需要2-3年、4-5年，甚至有些病人需要终身服药。在服药的时候要进行一些监测，监测凝血功能，监测凝血相关的一些其他指标，比如D-二聚体，根据监测的指标和患者的症状进行治疗药物的调整。