克罗恩病临床上最难鉴别的就是跟肠结核。克罗恩病发病的部位最常见的就是回盲部、小肠这一段，虽然全肠道都可以发病，但是最常见的还是回盲部和小肠这一段。但是恰恰肠结核也是在这个部位容易发作。
1、肠结核多半在淋巴组织丰富的地方，所以也是在回盲部和小肠容易多发。这个时候就要跟肠结核鉴别。肠结核一般都有肺结核的病史，或者家里有肺结核的情况，或者肺有病变。肠结核一般结核杆菌试验是阳性的，病理出现的是干酪性的肉芽肿，那么肠克罗恩病是非干酪性的肉芽肿。从这几点基本上可以鉴别它是肠结核还是克罗恩病。
2、还要跟白塞氏病鉴别，所谓白塞氏病实际上是肠道血管的病变，也可以出现在回盲部的溃疡。这种白塞氏病除了肠道的溃疡，可以出现口腔的反复溃疡，甚至可以出现肛门的溃疡，这也是它的鉴别指征。
3、还有肠的淋巴瘤也是要跟克罗恩病相鉴别。
4、还有肠道的感染性的疾病，像血吸虫病或者阿米巴病，还有缺血性肠病这样的疾病，或者真菌感染、病毒感染的感染性肠道疾病相鉴。