炎症性肠病是非特异性炎症，发生在肠道。最主要的病变称为溃疡性结肠炎和克罗恩病，这两个病变最常见，而且比较难治疗，一生当中经常复发，所以患者会非常痛苦。溃疡性结肠炎主要以大肠发病为主，表现为腹痛、腹泻，大便里面出现黏液血便。病症的特征是从患者远端开始，即肛门开始逐渐往近端发展。
克罗恩病主以小肠和大肠交接处发病为主，和溃疡性结肠炎不同，不是连续性，往往是节段性发生，称为节段性肠炎。炎症经常穿透整个肠壁，所以溃疡又称为裂隙状溃疡。此外还有鹅卵石样改变，即肠黏膜可以形成像鹅卵石一样的隆起，还有肉芽肿改变，病理上称为类上皮细胞聚集形成肿物样改变，其实是慢性炎症的表现。总体来说，溃疡性结肠炎和克罗恩病都属于炎症，目前两个疾病病因都不是很清楚，治疗方法并不是非常有效。