在治疗霉菌性食道炎之前，首先要了解产生霉菌性食道炎的原因，针对病因才能进行相应的治疗。其病因主要包括长期大剂量的使用广谱的抗菌药。另外，长期应用大量的肾上腺皮质激素和长期大剂量的放射线的照射，以及大剂量的使用免疫抑制剂。在营养不良、老年体弱，一些消耗性疾病、手术等，导致机体免疫低力低下时，可以产生白细胞吞食及杀菌功能的降低，均可以产生霉菌性食道炎。
霉菌性食道炎要进行防治相结合，首先应预防医源性因素所致的感染，严格掌握抗生素及激素使用的适应症。治疗的方法主要为中药和西药两类，中药包括锡类散、云南白药、大蒜素等。西药包括制霉菌素，酮康唑、氟康唑、伊曲康唑等抗菌治疗，均有疗效。