脑干出血是非常严重的脑部器质性疾病，一旦出血发生就会立即出现水肿，早期如果水肿不是十分明显，在头颅CT上观测不到脑出血导致的高密度影旁边的低密度水肿带，需要24小时左右水肿才会达到第一个高峰，在CT上可以明显观测到。
此后水肿仍然会持续加重，待第二天，也就是48小时达到第二个高峰期，达到高峰期以后水肿还将持续存在一段时间，根据出血量的大小不同，持续时间也有所不同，10-14天左右。之后水肿才会逐渐消退，大约完全消退需要4周，甚至更长时间。在这之前出血的高密度影会先于低密度的水肿带消失，但是患者仍然需要注意观察病情，因为水肿也有可能会导致患者脑干功能受损，引起呼吸循环障碍。