导致慢性腹泻的原因较多，其中有一些原因会引起发热。最常见的慢性腹泻可能是肠道的慢性感染性疾病，包括一些病毒、细菌和特殊的病原体，其中有肠道的结核与一些不常见的病毒，比如巨细胞病毒、EB病毒，以及现在越来越常见的HIV感染，这些感染性的腹泻，有一部分会导致患者发热。在发热的情况下，患者首先会进行病原学筛查，来明确病因。
除感染之外，还有一些慢性腹泻会合并发热，溃疡性结肠炎与炎症性肠病会导致较长时间的腹泻，而且这种腹泻排出的非水样便，而是便中伴有黏液、血液，甚至脓液。更严重的时候，比如伴有肠道肿瘤、全身肿瘤，包括淋巴瘤、血液系统疾病的患者也会有全身发热的表现，而起始的时候，有时并不能摸到腹部的包块，或者发现有出血，而是以慢性的持续性低热为主，患者体温约37℃，或者<38℃，合并有慢性腹泻时，一定要到医院就医，明确腹泻合并有发热的原因。