甲状腺囊肿做手术大部分需要1-2个小时。甲状腺囊肿手术一般很少单纯切除囊肿，会选择甲状腺部分切除或甲状腺腺叶切除手术。
甲状腺囊肿可继续观察或进行手术，具体如下：1、没有症状也没有恶变倾向的较小囊肿，可以建议病人观察6-12个月复查一次甲状腺彩超；2、如果囊肿持续增大，超过4cm时就建议病人手术，或者病人有压迫症状也建议手术。如果复查过程中发现囊肿或者结节有恶变倾向，患者也可以选择手术治疗。
甲状腺囊肿指甲状腺内部的囊性肿物或者与结节同时生长，可以单发也可以多发。甲状腺单纯囊肿非常少见，大部分是在体检过程中偶然发现。如果嚢液突然增多或者囊内有出血时可以突然增大，病人可以自己摸到。