先天性胆管扩张手术的后遗症，目前在临床上比较常见的是手术以后的粘连性肠梗阻以及胆道逆行感染。先天性胆道扩张症在我国最多见的是1型，主要是发生于胆总管呈梭状扩张，一般对于1型的先天性胆总管囊肿，目前临床手术治疗的方式主要是行胆总管囊肿切除，远端封闭，然后将肝总管与空肠做Roux-en-Y吻合，手术创面比较大，所以手术以后常见的后遗症主要包括两种。
最常见的手术以后因为腹腔粘连而出现腹痛腹胀，甚至恶心、呕吐，肛门停止排便排气等粘连性肠梗阻的症状。另外就是因为胆肠吻合以后，丧失控制肠液逆流流入胆管的作用，可能因为肠液逆流进入胆管引起胆道感染，从而表现为腹痛、发热甚至黄疸症状。