皮脂腺囊肿手术后可能会在皮肤上留下疤痕，也可能不会，具体是否会留下瘢痕主要与手术切口大小、个人体质、医生手术熟练程度、术后是否继发感染、术后是否复发等因素有关。
1、手术切口大小：皮脂腺囊肿可能和皮肤清洁不佳有关，此时局部导管受到堵塞，会出现局部圆形包块，还会挤出带有臭味的分泌物。如果囊肿体积较小，进行手术时切口比较小，此时术后出现疤痕的几率也较低。但如果自身病变部位较大，手术切口较大，此时就可能会出现疤痕。
2、个人体质：受到个人体质的影响，如果自身属于不容易留下疤痕的体质，在手术之后并不容易出现疤痕，但如果自身属于疤痕体质，平时出现小伤口就会留下疤痕，此时在术后也会留下疤痕。
3、医生手术熟练程度：如果医生的经验非常丰富，正确沿着皮纹的方向进行切开，此时出现疤痕的几率较小，但如果医生的经验相对较少，在手术过程中没有切好或缝合好伤口，也可能会容易出现疤痕。
4、术后是否继发感染：在手术后还应做好个人护理工作，及时进行消毒、换药，避免伤口进水，如果没有做好护理，导致局部出现炎症感染，例如出现红肿、疼痛、化脓等症状，也会增加疤痕出现的 几率。
5、术后是否复发：如果在手术过程中没有完全切除病变，在之后的生活中可能会复发疾病，之后再次进行手术治疗，也会增加疤痕出现的概率。
此外，还可能与后期护理等有关，如果最终在皮肤上留下疤痕，也无需过度紧张，可以在医生的帮助下使用多磺酸粘多糖乳膏、积雪苷霜软膏等药物，也可以进行激光治疗、冷冻治疗、手术治疗等，治疗局部疤痕。