肛门周围的尖锐湿疣可以局部外用0.5%的足叶草毒素酊，50%的三氯醋酸溶液或者5%的氟尿嘧啶乳膏外用，也可以给予维A酸乳膏配合咪喹莫特乳膏外用。
上述药物均具有刺激性，使用的时候一定要注意保护周围正常的黏膜，同时一定要少量的外用，否则会引起大片的溃疡或者表皮剥脱。出现皮疹后还需要注意一定要避免接触水，避免搔抓，以免导致感染的加重，而对于皮疹较为小的最好还是先选择进行液氮冷冻治疗二氧化碳激光治疗或者电离子烧灼治疗。
因为肛门周围皮肤较为湿润，使用外用药物后容易粘连，同时还可以配合使用免疫调节剂，比如干扰素、转移因子、胸腺肽等。