沙眼衣原体尿道炎是由于不洁的性接触感染引起的，目前根据尿道分泌物的培养，可以明确沙眼衣原体的药物敏感性，然后再针对性的选择抗炎的药物，比如左氧氟沙星片、阿奇霉素片、美满霉素胶囊、多西环素胶囊，持续的口服治疗两到三周，基本能够清除尿道中的沙眼衣原体。
同时最好能够配合口服清热利湿的中成药，比如三金片、八正胶囊、热淋清胶囊，有更好的治疗效果。治疗期间不要久坐、憋尿，不要吃辛辣、刺激的饮食。由于沙眼衣原体能够通过性接触传播，在没有完全治愈之前不能发生性行为，每天应该喝水2000mL以上，充分的利尿才能有助于炎症的好转。