尿道结石手术一般都采用微创手术治疗的方法，在尿道镜或者膀胱镜下使用钬激光将结石击碎后再排除体外。如果是前尿道的结石还可使用取石钳来直接进行取石，在尿道充分麻醉的状态下注射入石蜡油等润滑剂，使用取石钳到达结石所在的部位将结石直接取出体外，但对于结石体积较大尿道口狭窄的患者需要做尿道口的切开处理，更容易取出结石。
后尿道结石一般将结石推入膀胱，在膀胱之内将结石击碎，击碎的粉末在膀胱镜下取出。但是如果后尿道的结石梗阻比较紧无法推入膀胱，可以直接在尿道镜下进行钬激光碎石处理，将结石击碎以后结石松动再推入膀胱进行粉末化的处理。手术完毕以后留置导尿管大约3-5天，复查结石已经排出或者均为粉末化的状态，可以拔出尿管自行排尿即可。