支原体或者衣原体引起的肺炎，其治疗主要是西医应用大环内酯类抗生素，如红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等，还可以用喹诺酮类抗生素，如氧氟沙星、莫西沙星、环丙沙星等，其中儿童不能用喹诺酮类抗生素。
支原体与衣原体导致的肺炎常见临床症状包括中、低度发热、咳嗽、咳白痰，少数会表现为高热、头痛、恶心、食欲不振、精神萎糜。胸部X光片或者CT可提示肺间质的改变，化验检查血常规白细胞大多数在正常范围，C-反应蛋白与降钙素原也无明显表现。对于肺炎支原体或者衣原体感染引起的肺炎，除了给予抗生素治疗还应给予对症营养支持，可以适当结合中医中药治疗，治疗一段时间后应及时复查胸片或者胸部CT观察疗效。