耐青霉素的肺炎链球菌感染首选治疗用头孢噻肟或者头孢曲松，也可以用新喹诺酮类的药物，比如莫西沙星、司帕沙星，如果是很严重的感染，需要用万古霉素或者加用利福平。
什么是耐青霉素肺炎链球菌，肺炎链球菌目前世界上有六种，其中肺炎链球菌上的bpb2b是最重要的一个结合位点，如果这个地方发生变异，链球菌就会产生耐药性。肺炎链球菌是导致社区获得性肺炎最常见的致病菌，目前国内耐药菌的发生率是在4%左右，明显低于国外，也就是属于亚洲的中等水平，因此在获得性社区肺部感染的病原菌中，耐肺炎链球菌的感染并不构成严重的威胁。