消化不良时可以按摩的穴位有很多，最主要的穴位如天枢穴、中脘穴以及足三里等，足三里算是保健大穴，主要是在小腿部位，在两侧膝眼向下约三寸的位置，在胫骨的外缘，在这个交叉点可以找到按压时有酸胀、麻等感觉的穴位。如果穴位不太容易找到，也可以在网络寻找挂图或者相关的穴位指示来进行寻找，在类似的穴位部位进行点、揉、打转或者敲打等来进行处理，可以适当缓解消化不良的情况。
另外，中脘穴可以在肚脐和剑突下连线的中点位置找到，天枢穴在肚脐水平线两侧，根据情况找到类似的穴位进行相关的按摩、热敷以及艾灸等，可以适当的缓解消化不良。