肠结核属于全身结核病，治疗以内科抗结核为主，除非是急诊。肠镜和外科治疗原则上是先进行规范的抗结核治疗及营养支持治疗以后，再考虑手术。肠结核的手术适应症如下所述：
1、肠道出血：若患者出现无法控制的肠道出血，以及经过内科抗结核治疗以后，反复出现肠粘连及固定部位腹痛时，需及时进行手术治疗；
2、肠梗阻：若患者出现了长期无法缓解的不完全性肠梗阻，建议手术治疗；
3、穿孔：若结核病变出现了穿孔、急性腹膜炎或者局限性腹腔脓肿或肠瘘时，需及时进行手术治疗；
4、肿瘤：若腹腔病灶不能排除肿瘤，建议手术探查。
肠结核的手术方式主要是肠段切除、回盲部切除以及右半结肠切除。在手术中根据患者的情况，肠切除以后可进行肠吻合术，或者先行近端的回肠腹壁造瘘，待术后3-6个月，患者的病情及结核病灶和营养状况稳定以后，可以考虑再行肠回纳和肠吻合术。对于肠结核的外科手术治疗，及时的手术探查是治疗的关键，同时手术前必须经过有效和规范的抗结核治疗。肠结核患者做完手术以后应该继续抗结核治疗，总疗程是1年左右，如果能够及时进行手术探查，术后的预后效果是比较满意的。