气管镜检查大部分是能确诊肺结核，肺结核的确诊要找到结核杆菌存在的依据，临床上通常根据痰培养、痰结核菌涂片来找结核杆菌。但对于部分菌阴性的肺结核患者，此时就要通过支气管镜对局部支气管进行刷检和肺泡灌洗，取得痰液标本进行相应的痰检，如果找到结核杆菌就可以确诊肺结核。
部分肺结核患者其气道内面，可以见到典型的坏死性肉芽肿形成，此时还可以通过对局部的坏死物进行活检，进行诊断，亦可以确诊肺结核。但要注意，少数肺结核患者其支气管镜未见到明显的异常，还可以通过经皮肺穿刺对肺部病灶进行活检。总之，支气管镜的检查是诊断肺结核积极有效的办法。