慢阻肺的病理改变主要包括慢性支气管炎与肺气肿的病理改变。慢性支气管炎的主要病理改变包括支气管上皮细胞的变性脱落。支气管本身有很多纤毛，就像一个房间有很多扫把，可以通过纤毛的摆动将痰液等物质清出。但慢性支气管炎患者的纤毛可能会脱落、变性、倒伏，出现没有办法进行清理的状态。当然它里面的粘液细胞和分泌腺体的细胞也会有变化，会有大量的炎症细胞堆积。慢性支气管炎反复发生会导致炎症下移，周围均可能出现炎症改变，平滑肌束可发生反复断裂和修复，进而导致气管重构。
气管重构即气管结构发生变化，会导致气道的不完全可逆。肺气肿的病理改变主要是终末细支气管的异常扩张，导致肺泡过度膨胀，弹性纤维下降。所以慢性支气管炎和肺气肿都会导致慢阻肺的病理改变。