对于扁桃体结石的治疗主要是考虑两种办法，第一种是保守治疗，第二种是手术切除双侧扁桃体。如果扁桃体结石比较少，没有影响日常生活，没有出现反复的扁桃体发炎，这种情况可以考虑保守治疗，使用漱口水漱口，保持口腔咽喉卫生情况，定期到耳鼻喉科清理结石就可以。
如果扁桃体结石特别多，已经影响日常生活或者有反复、多次出现扁桃体发炎，一年发病5-6次以上，建议考虑做手术切除。但是需要到正规医院耳鼻喉科就诊，评估手术指征后才考虑手术。总体大部分患者都可以进行保守治疗，只有一少部分患者才需要做手术，术后还需要定期复查，监测有无相关的手术并发症。