咽喉部的囊肿的手术根据囊肿的不同位置，囊肿大小，来判断是否痛苦。如鼻咽部囊肿，通过鼻内镜去切除，鼻内镜切除鼻咽部囊肿后填塞止血，手术过程并不是很痛苦，但是术后填塞止血的过程病人会出现鼻部憋胀、不能呼吸的情况，病人还是觉得很痛苦的。
口咽部囊肿主要是在术后饮食，要求流食而且食物的刺激会引起吞咽、呼吸的时候出现疼痛感。咽喉部囊肿相对来说痛苦要小一些，因为手术过程是全麻手术，喉镜下术，手术完以后病人没有很强烈的不适感觉。咽喉部囊肿根据不同的位置，手术方法不同，会出现不同程度的不适感，但是咽喉部的囊肿总体上来说还是比较简单的手术，痛苦不是很大，患者出现咽喉部囊肿病症的时候可以到医院进行手术治疗。