丙戊酸钠的副作用一般是轻微的，暂时性的，在治疗的早期阶段是很常见的。胃肠道反应主要有恶心，呕吐，胃肠道不舒服和食欲不振。可以用糖衣片或者在餐后服用。有时会有腹痛，腹泻，便秘的症状。就神经心理而言，最常见的副作用为嗜睡，尤其是与苯巴比妥合用时。
在血液系统中，会出现粒细胞减少，血小板减少，凝血机能紊乱等现象。头发可能会在皮肤上出现，通常是轻微的，持续的时间很短，一般发生在治疗的最初的一到四个月。偶尔也会有急性肝坏死的发生。预防措施主要有：临床监测、用药前6个月密切观察及定期肝功能检测。如果怀疑有肝损伤，应该马上停止服药。
少数病人可能在服用药物后食欲增加，体重增加。有些女性在服用药物后会出现闭经现象。
参考资料：黄希顺主编；魏春风，黄圣明副主编；尹景岗（加拿大），章晓富，黄丽娟编著.癫痫防治300问 第3版.金盾出版社.2015.01.