目前根据移植物的不同可以分为骨髓来源，也可以分为造血干细胞来源，也可以来源于脐带血，所以骨髓移植与造血干细胞移植是两种不同的移植物。骨髓移植往往是从供应者体内进行直接采集，而造血干细胞的移植往往是对供应者进行处理之后，用细胞分离机把供应者体内的造血干细胞采集出来，所以骨髓移植与造血干细胞移植只是因为移植物的不同而进行区分。
在治疗的过程中各有优点，各有缺点，因为采集骨髓的过程中除有造血干细胞以外，还有间充质干细胞，在患者体内更加容易成活，造血恢复的时间可能更快。造血干细胞的移植主要通过机器采集供应者体内的造血干细胞，不含有间充质干细胞以及其的血液细胞成分，所以进入患者的体内之后所产生的排异，包括恢复时间可能比骨髓移植稍慢，但是二者都可以治疗恶性血液病，也都是移植的主要移植物，目前都在广泛的使用之中，但造血干细胞更多见。部分单位对于半相合移植，使用骨髓+外周血干细胞一起回输给患者。