骨髓移植与器官的移植实际不完全一致，常规所说的骨髓移植，实际是采集供应者骨髓，或供者造血干细胞。而器官移植主要是采集供应者实质性器官，比如肺、心脏、肝脏，采集物与骨髓移植不完全相同。所以严格意义上，骨髓移植大方向也可以叫做器官移植，但是与实质性器官移植又有很大区别。因为器官移植进入体内之后，主要是宿主排异移植进来的器官，而骨髓移植恰相反，主要是移植物抗宿主。但是对于减轻移植抗排异的作用，二者所用的药物部分一致，都采用免疫抑制剂治疗。
所以骨髓移植与器官移植不能完全等同，骨髓移植可能相对而言比器官移植更重。移植之前所采用的处理方式与器官移植也不完全相同，骨髓移植的危险程度与风险性也大于器官移植。所以骨髓移植与器官移植还是两个不完全相同的治疗手段，治疗疾病也不完全相同，所以二者之间不能够相互的等同起来。