恐惧症在临床上通过全病程系统规范治疗，可以达到临床痊愈，恐惧症在临床治疗上可以选择药物治疗、心理治疗和物理治疗。
药物治疗以抗焦虑药物和抗抑郁药物为主，一般以抗抑郁药物作为一线首选药物，如帕罗西汀、舍曲林、艾司西酞普兰、文拉法辛等药物，全病程系统规范治疗，治疗效果良好；抗焦虑药物主要应用的是苯二氮卓类抗焦虑药，如劳拉西泮、阿普唑仑、艾司唑仑等药物。
另外，心理治疗也可以作为恐惧症治疗的选择，例如应用认知行为疗法，通过认知行为疗法可以帮助患者认识到恐惧症产生的不合理的认知模式，纠正不合理的认知模式，达到认知重建，起到抗恐惧作用。
物理治疗方面，可以采用多参数生物反馈治疗的方法，达到临床治疗作用。