扁桃体结石本身没有臭味，扁桃体结石不是很大，结石一旦阻塞扁桃体的腺管或者隐窝造成引流不通畅，细菌繁殖和食物残渣堆积，产生难闻的臭鸡蛋味口臭，这种是扁桃体结石出现臭味的临床原因。对这种情况，可以有以下几种处理办法，如果比较小的结石，患者可以去医院，让医生用小镊子或者棉棒将结石给剥离出来。
如果结石有轻微松动的时候，医生也可以用吸引器将结石给直接吸出来。如果结石比较大，医生也可以在局部麻醉的情况下，用手术刀将结石给剥离开，然后取出来也可以。这种情况下要稍微小心，小心结石掉入气管。对于双侧扁桃体多发性的结石，反复取出又生长的结石的处理，临床上建议可以做双侧扁桃体切除手术，这个对结石可以达到根治的目的。