吞咽困难的鉴别诊断不是通过症状进行鉴别诊断，而是疾病是由于什么引起或者怎么样去确定吞咽困难的起病原因。吞咽困难最常见的几类疾病包括食道的炎症、口腔的炎症、神经肌肉一类的疾病、中风，以及口腔、咽部或者食道一类的癌症或占位。
贲门的痉挛，这样一类的病人也会出现咽下困难，是吞咽障碍的一种类型，而且症状出现的时间比较晚，跟病人的心态或者情绪等有比较多的相关性。食管癌引起的吞咽困难，早期多半患者不会有吞咽困难的表现，但是，到了中期之后会出现进行性的吞咽困难。如果出现进行性吞咽困难，需要考虑是不是存在食道的癌症或者其他类型的疾病。