临床上在常规进行根管治疗时，一般不会产生疼痛症状，因为根管治疗时会进行局麻。但由于每个人对疼痛的耐受程度不同，部分患者可能会感觉疼痛。
正规的根管治疗整个过程，都在局部麻醉下进行操作，注射麻醉药时可能会有疼痛，但是可以忍受，局部发麻后才会进行根管治疗，整个治疗的过程无痛。如果患者本身较为敏感，或者医生操作相对较暴力，可能会引起牙根以外的部分组织激惹，继而出现疼痛。
如果出现牙髓炎、根尖周炎等情况时，则需要及时进行根管治疗，也就是对根管进行消毒、冲洗、制备、充填治疗。若治疗不及时，可能会导致病情进一步加重，如牙髓炎可发展为根尖周炎，而根尖周炎可能会发展为根尖囊肿。
临床上在进行根管治疗后，患者应注意避免吃过热的食物，同时注意清洁牙齿。如果治疗后出现较为剧烈的疼痛，应及时就诊于口腔科，进行视诊、探诊、X线检查、光学检查等，及时明确诊断。