肛乳头肥大主张早期诊断，定期随访，如伴随症状明显或肿物生长较快者，应该尽早手术治疗。同时还有非手术治疗的方法，包括：
1、内治法，用龙胆泻肝丸、三黄片、牛黄解毒片口服；出现疼痛的时候，有效抗生素的运用可以控制局部炎症。根据感染性的不同，给予相应的抗生素治疗，最好是到专科医院做药敏检查以后，用适当的抗生素为最好；
2、还有外治法的治疗，包括熏洗法，用中药的苦参汤、去毒汤等熏洗，每天1-2次；还有塞药法，包括麝香痔疮栓、肛泰栓、九华膏，每天1-2次塞入肛内，可以缓解肛门的疼痛、潮湿、瘙痒。还有保留灌肠的方法，多用中药的保留灌肠方法，包括金银花、蒲公英等药物保留灌肠，每晚睡前排空大便和晨起便后各治疗一次；
3、同时还有其它疗法，包括急性期用理疗，采用红外线、微波、小功率激光等，均可以进行局部照射，抑制细菌的生长，促进血液循环，缓解症状。还有提肛锻炼，收腹、提肛都可以缓解肛乳头的增生肥大。