治疗肛瘘炎最佳方法是手术治疗，术后配合药物和一般治疗。
手术治疗的具体方法有挂线疗法、瘘切开术、主灶切开对口引流法、瘘切除术、瘘切除术一期缝合术等治疗方法，具体选择是根据肛瘘内口位置、瘘的走向、瘘的深度等，综合评定后选择手术方式。挂线疗法用于各种瘘，特别是对高位经括约肌或括约肌以上，括约肌外肛瘘者，效果比较好；瘘切开术适合用于单纯性低位肛瘘，可以把瘘切开，剔除里面的肉芽组织，方便脓液引流，这两种是临床上常用的手术方式。
药物治疗主要是抗生素、抗感染治疗，一般治疗主要是避免刺激肛门，减少大便干燥，保持肛门周围清洁、卫生。