小脑扁桃体下疝、脊髓空洞症手术的费用，一定要根据当时的具体情况，具体对待。是否使用钉棒系统，进行相应的固定，差别很大，有可能会差别2-3万元左右。有的情况下，枕骨大孔畸形导致的小脑扁桃体下疝、脊髓空洞症，相对比较简单，通过切除寰椎或扩大枕骨大孔、悬吊小脑扁桃体，基本上就可以结束，并不需要特殊的固定措施，是最简单的一种形式。
但是在临床当中，有的枕骨大孔畸形相对比较复杂，出现的小脑扁桃体下疝相对比较大，切除的骨质也比较大，需要应用钉棒系统，进行相应的脊柱固定。否则后期可能会产生颈椎不稳，而造成更严重的临床症状，有可能会增加2-3万元，如果不使用相应器械，花费在5-6万元左右。