疱疹性咽峡炎的治疗包括：
一、一般治疗，保持口腔的卫生，注意口腔护理，多饮水，流质或者半流质，以微温、清淡饮食为主，避免进食辛辣、刺激性的食物，在发热的时候应该卧床休息，热退后可以适当的活动，要注意保持室内空气流通。
二、药物治疗，抗病毒药物的治疗，一般轻症的病人不需要全身应用，较重者可以口服利巴韦林颗粒剂，每天10-25mg/kg，分3次口服。也可以采用局部的治疗，包括局部外涂阿昔洛韦溶液，疱疹净溶液或者局部用干扰素气雾剂、利巴韦林气雾剂或者口腔炎气雾剂等。
三、退热镇静，对高热烦躁者要用退热镇静剂，退热药如乙酰氨基酚、布洛芬都可以，发生高热惊厥者，可以用10%水合氯醛灌肠，或者是安定；对于合并细菌感染者可以用合适的抗生素如阿莫西林、头孢类抗生素；补充复合维生素；发热剧烈者要补充葡萄糖及电解质溶液，加强支持治疗。