先天性肠闭锁是一种先天性消化道畸形，其发生原因目前尚未完全清楚，主要有三种假说：
1、肠管空泡化学说：这种学说认为在胎儿肠管发育过程中，由于肠管上皮细胞累积，肠管暂时性堵塞，随着胚胎的发育，堵塞的肠管内出现空泡，空泡不断扩大、融合，肠管再次通畅，如果空泡化的过程出现停顿，患儿就会出现肠管的堵塞，导致肠闭锁；
2、血管学说：这种学说认为在胎儿发育过程中，某一段肠管血液的供应发生问题，比如先天性血管畸形、先天性肠套叠或肠扭转，引起部分肠管缺血、坏死、断裂，甚至缺如，从而导致肠闭锁；
3、炎症学说：这种学说认为胎儿发育过程中，部分肠管发生炎症，常见的炎症如胎儿期阑尾炎穿孔、胎儿期坏死性肠炎等，引起肠管坏死，导致肠道闭锁。