脑部表皮样囊肿，目前去除最主要的方式，还是以外科手术的方式进行治疗。
一般来讲就是指患者平卧在手术床上，全身麻醉满意之后，沿发际切开头皮，然后打开颅骨，悬吊硬膜，通过特定的一些腔隙进去到颅脑的正中央，发现脑表皮样囊肿，然后应用吸引器，双极电凝以及其它一些辅助设备，将表皮样囊肿进行适当的分离，并且切断血供，这样就可以完整地将表皮样囊肿进行取出。但是也一定要注意，这里面有可能会牵扯到神经、血管等一些问题，部分情况下还需要进行血管吻合治疗，所以一定要在分离的过程当中细致操作，并且也一定要注意止血，防止术后再次出血的情况。
取出来之后，基本上手术就可以结束，将颅骨回复并且缝合头皮，回到普通病房进一步的监护治疗。