肌肉疼痛和肌肉的神经痛是两个不同的概念，病因不同，治疗方法也有所不同。肌肉神经痛见于自发性神经痛、神经炎以及神经受压、损伤等情况，神经痛的治疗先是治疗原发疾病，比如解除神经压迫，口服甲钴胺、维生素B1、维生素B12营养神经。治疗神经痛的特效药主要有加巴喷丁、卡马西平、奥卡西平等，对治疗神经痛有良好的效果。
肌肉疼痛见于风湿疾病、肌肉炎症、药物性肌肉损伤等，比如口服他汀类降脂药，可以出现肌肉损伤引起肌肉疼痛。过度疲劳也可以肌肉疼痛，如过度走路跑步、反复下蹲等。治疗肌肉疼痛的药物主要是消炎止痛药，比如布洛芬缓释胶囊、扑热息痛、复方氯唑沙宗等。