目前治疗肛门息肉的主要方法是药物治疗，以及手术治疗。对于距离肛门比较近，并且体积较小，没有影响到正常排便的肛门息肉，可以通过保守治疗的方法进行治疗。经常用高锰酸钾洗剂或生理盐水进行肛门周围的清洗，以便加快肛门周围血液循环的速度，使息肉自然萎缩，同时涂抹痔疮膏进行治疗。
如果息肉体型较大，已经影响到正常的排便，就需要通过手术切除的方式进行治疗。通过扩肛器将肛门口扩大，然后将息肉的根蒂进行结扎，以及切断血液供给，最终将息肉一并切除。需要特别注意再缝合以后，一定要口服消炎药物进行治疗，防止伤口处出现感染。