肛瘘内口的处理一般分为两种，对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。
后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治愈这种疾病。处理内口是治疗这种疾病的关键，如果内口找不到或者处理不好，很容易导致疾病的复发。所以，肛瘘的内口处理是治愈疾病的关键。