肛瘘的治疗方式不同、术后是否有并发症，恢复时间不同，同房时间有所差别，主要分为以下几种情况：
第一、药物治疗，药物治疗肛瘘不能治愈只能改善症状，在一周内能够改善炎症症状，两周后可以同房。
第二、手术切除瘘道，创面较大，术后用促进皮肤生长的药物可缩短恢复时间，无术后感染的并发症，两周可以恢复，恢复后一周可同房。
第三、挂线疗法，恢复时间较长，时间差异性较大，恢复时间在二至六周不等，挂线治疗结束后一周可同房。
第四、有影响伤口愈合的基础，疾病时间延长如糖尿病，需要等糖尿病控制后创面才能愈合，血糖控制需要二十天左右愈合，愈合后可以同房，血糖控制不佳者可以一直换药，数月不愈合不能同房。
第五、术后切口感染，可能延期愈合或者不愈合，术后可能需要二十天才能愈合，愈合后一周可以同房，切口不愈合不建议同房。
第六、术后引起肛门狭窄等并发症，需要手术松解治疗，需要等待全部手术完成并恢复后，一至两周再同房。