甲状腺肿大之后应该根据病因进行针对性治疗，一般情况下都是因为甲状腺功能亢进症引起的甲状腺肿大，需要在一定时期内服用药物，例如甲巯咪唑片，必要情况下需要进行碘-131治疗，这两种治疗方式相互结合效果比较好。除此之外，身体严重缺碘、桥本氏甲状腺炎、甲状腺结节、亚急性甲状腺炎也会导致甲状腺肿大，这是因为身体中的免疫功能受损导致。
如果患者没有出现甲亢、甲减的症状，甲亢用抗甲亢药甲巯咪唑片、丙硫氧嘧啶片治疗，甲减用左甲状腺素钠片进行替代治疗，亚急性甲状腺炎需要使用解热镇痛药进行抗炎治疗。甲状腺结节或腺瘤需要动态观察病情变化，怀疑癌变或已经明确甲癌，可以进行微创消融治疗或手术治疗，必要时后续继续放、化疗。