临床上出现自主呼吸障碍，主要由于肺的呼吸功能下降而导致，比如包括通气功能障碍和换气功能障碍。主要是呼吸系统本身的一些疾病，比如先天性支气管的狭窄，急性或慢性咽炎，急性发作出现重度喉头水肿，导致气道狭窄。支气管哮喘持续状态，咳嗽变异性哮喘以及肺炎、阻塞性肺气肿、特发性肺间质纤维化，都可不同程度出现呼吸功能的限制。
另外也见于比较特殊的病原体感染，比如结核分枝杆菌引起的肺结核，出现弥漫性纤维化空洞，出现代偿性的肺不张、肺气肿，以及支气管肺癌引起的癌性的胸腔积液，影响到肺呼吸功能。这时会影响到，肺自身呼吸肌自然正常呼吸动作，而引起自主呼吸出现障碍。