单侧巧克力囊肿在临床上也可能会自然受孕，因为一侧卵巢巧克力囊肿，另一侧卵巢组织正常的情况下，仍可以周期性的分泌雌激素、孕激素，仍然会排卵，所以就有自然受孕的机会。建议在临床上最好通过B超监测排卵，在健侧的卵巢有排卵的情况下选择同房，就会提高怀孕的几率。
另外在临床上卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位症的一种临床表现。可能大约30%-40%左右的病人会出现不孕不育，所以如果发现有巧克力囊肿且没有自然受孕的情况下，可考虑做手术进行治疗。术后由于复发率比较高，建议可用注射用醋酸曲普瑞林治疗三个月至半年左右的时间。