肾囊肿腹腔镜手术，一般分为经腹腔手术和经后腹腔手术。目前应用较为广泛的是经后腹腔手术。过程简述如下：
一、患者术前12小时禁食，8小时禁水。
二、患者取健侧卧位，也就是手术一侧肾脏在上方。
三、常规术区消毒铺巾。
四、先通过球囊扩张，建立腹膜后腔隙。
五、一般经腋前线及腋后线，髂嵴上，肾区打3个穿刺孔，置入手术器械进行手术。
六、分离及清除肾区腹膜后脂肪，然后纵行切开肾周筋膜，分离肾周脂肪，根据囊肿位置分离至肾脏表面，找到囊肿。
七、切开囊壁，确认囊肿无误后，切除合适大小的游离囊壁，彻底止血，囊腔内可填充邻近脂肪组织。
八、依次关闭切口，手术结束。