脊索瘤的患者一般情况下最终死因有两个：
第一、随着脊索瘤不断的增大，从而压迫周围组织，尤其是如果压迫到脑干，则会逐渐形成意识障碍，从嗜睡到昏睡、昏迷，更加严重的可能会造成呼吸和循环功能障碍，就会造成患者的死亡，这是死亡最主要的原因，是因为脊索瘤不断生长、压迫所导致。
第二、脊索瘤会侵蚀颅骨，有可能造成鼻咽腔等等部分的损伤，造成脑脊液鼻漏或者咽喉壁的脑脊液漏，有可能会产生逆行性的感染，造成脊索瘤的死亡。还有其他的方面因素，包括长期的不治疗，造成内分泌功能紊乱，不断吸收正常的养分，从而造成身体的消瘦，进食不佳也可能减轻患者体重等等一系列的因素。