骶管囊肿手术风险大约在5%-10%，因为骶管囊肿手术的创伤比较大，虽然可以通过一系列显微操作的方式避免出血，细致的操作，但是毕竟涉及到神经血管，而且还有骨质的问题。
第一点，骶管囊肿手术之后的出血问题，因为这个地方毕竟还是有一个相对比较丰富的血供，一旦止血不佳，则会形成出血的概率。
第二点，颅内感染的情况，因为脑脊液都是相通的，这个时候如果有感染的情况，有可能会从骶管直接发展成颅内感染，有的时候结果是不可逆的，非常严重。
第三点，神经受到损伤，因为骶管囊肿主要是压迫症状为主，压迫神经，要做的手术就是分离神经，在分离的过程当中有可能就损伤神经，造成更加严重的症状。所以对于骶管囊肿一定要引起重视。