免疫系统疾病有很多，主要包括自身免疫病和免疫缺陷病。自身免疫病是因为遗传因素和环境因素等，诱发自身免疫耐受状态被打破，或细胞调节异常的临床病症。免疫缺陷病是由遗传因素或其他因素等原因，造成的免疫系统先天发育障碍或后天损伤所致的综合征。
1、自身免疫病：自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性血小板减少性紫癜、肺出血-肾炎综合征、风湿热、弥漫性甲状腺肿、重症肌无力、溃疡性结肠炎、寻常型天疱疮、恶性贫血、强直性脊柱炎、冷球蛋白血症、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、多发性硬化、桥本甲状腺炎等；
2、免疫缺陷病：分为原发性免疫缺陷病和获得性免疫缺陷病，原发性免疫缺陷病有T细胞缺陷、B细胞正常的重症联合免疫缺陷病、X连锁无丙种球蛋白血症、普通变异型免疫缺陷病、X连锁慢性肉芽肿病、遗传性血管神经水肿、阵发性夜间血红蛋白尿等。获得性免疫缺陷病是因感染、肿瘤、理化等因素导致的暂时或永久性的免疫功能受损，临床常见获得性免疫缺陷综合征，也就是艾滋病。