医院内核磁共振的具体价格无法直接确定，因为各医院的级别、检查部位、具体项目等不同，价格也存在区别。根据输出功率、扫描方式不同，一般做一次核磁共振费用在400-2000元。
以三甲医院为例，如果核磁共振的输出功率为0.5-1.0T，单个部位平扫价格在400-450元。1.5T的平扫核磁共振价格在500元左右，输出功率越高，价格越高。如果进行核磁共振功能成像检查，0.5-1.0T的价格在480-500元。
而如果进行增强的核磁共振检查，由于需要使用造影剂，价格会更高一些，根据使用的造影剂不同、输出功率不同，检查一个部位的价格在700-2000元，甚至可能更高一些。另外，不同地区，使用不同型号的机器，每次做的部位以及数量不同，价格也存在较大差异。
在进行核磁共振检查前，要仔细回答医生问题，以免存在相关禁忌证而无法提前发现，危害个人健康。另外，检查要做好准备，将身体上的金属异物清除干净，也不建议孕妇做磁共振检查，以免导致胎儿发育畸形。