双源CT检查分为平扫、增强和血管类的检查，它的副作用不大，双源CT主要的副作用就是有辐射，这是它的弊端。如果是孕期或者备孕的患者不可以做射线类的检查，因为射线容易引起胎儿畸形。另外，如果做双源CT增强或者血管类的检查，这两种检查方法都需要注射造影剂，造影剂有可能会引起不良反应。它的主要不良反应是过敏反应，轻度的过敏反应会出现面部潮红、头痛、恶心、呕吐、轻度荨麻疹，重度的过敏反应会出现严重的喉头水肿及昏迷、休克等。
另外，如果是肾脏功能不好的患者，注射造影剂有可能会加重对肾脏功能的损害，所以肾功能不全的患者需要慎做。