巧克力囊肿腹腔镜手术费用大约需要一万到一万五左右。不同的医院收费会有所不同，不同的地区收费也会有所差异。一般三甲医院的收费高于二甲医院，发达地区的收费高于落后地区。巧克力囊肿腹腔镜的手术还要根据手术时间的长短，以及手术的难易程度、术中腹腔是否有粘连以及麻醉药的用药多少、监护的时间等等，考虑手术的费用综合。
巧克力囊肿一般是子宫内膜异位囊肿，如果是年轻的女性需要行腹腔镜下的卵巢巧克力囊肿剥除术，术中尽可能的吸净腹腔的巧克力囊液，避免造成种植造成并发症。如果是年龄比较大的女性，行一侧附件或者卵巢的切除术，相对手术比较彻底。