沙眼衣原体核酸检测是目前检查是否感染沙眼衣原体的最常用的检查手段，可以提取黏膜表面的分泌物进行检测，准确性比较高。沙眼衣原体容易感染人体的黏膜组织，例如引起结膜炎、泌尿系统感染等，及时确诊后采取针对性的抗感染治疗，是取得良好治疗效果的关键。
但传统检测方法中对衣原体抗体进行检测通常准确性比较低，而进行衣原体培养，虽然准确率很高，但需要耗费很长时间，并且花费很高。随着技术的进步，目前可以对衣原体内部的遗传物质，也就是DNA进行特异性的检测，具有非常高的准确性，并且检测时间很短，花费也不高，是目前最理想的检测手段。