男性肾脏结石是一个复杂的过程，而且是多因素致病的过程并非单因素引起，常见原因如下：
1、尿液过度浓缩，尿液之中富含电解质和盐类成分，如果饮水量比较少，尿液处于浓缩状态，这些盐类和电解质成分就会过度饱和，就会析出形成盐类结晶，再进一步的形成结石样改变。
2、泌尿道慢性感染，感染以后可以造成细菌或者脱落上皮，形成结石的凝结核，这样就会逐渐在凝结核的基础上逐渐发展成肾脏结石。
3、体内抑制结石形成物质较少，常常因为体内缺乏枸橼酸盐，导致尿液PH值降低，容易形成结石。
4、泌尿道如果存在梗阻性疾病，也容易导致结石，比如男性前列腺增生症就比较容易患膀胱结石。输尿管的狭窄或者肾盂输尿管连接部先天性狭窄，就比较容易导致肾脏出现先天性结石或者继发性结石。